La collecte des pelotes de réjection d'oiseaux insectivores nécessite un grand
investissement car elles sont le plus souvent difficiles à trouver. Plutôt que de suivre un
protocole d'échantillonnage statistique, il est préférable d'en ramasser le plus possible puis
d'évaluer le résultat par un outil statistique d'estimateur de richesse. Pour étudier
l'écologie alimentaire, des paramètres comme la date de collecte, le sexe et l'âge, la
phénologie de la reproduction, la localisation et la description de leur habitat, etc., sont
simultanément collectés.
Il n'existe pas de clé de détermination des pelotes et leur aspect varie selon le type de
nourriture ingérée. Il s'agit donc d'être vigilant quant à la présence d'autres espèces
d'oiseaux insectivores. De même, il n'existe pas de clé de détermination des organes ou
débris d'organes d'Arthropodes terrestres et il convient pour cela d'établir au préalable
une collection de références. Pour évaluer les risques de confusion entre espèces-proies
morphologiquement proches, il est nécessaire de collecter chacune d'entre elles sur
l'ensemble du territoire de chasse des oiseaux étudiés.
La mesure de biomasse des Arthropodes peut se faire directement sur le terrain à
l'aide d'une balance de précision adaptée. Dans le cas d'espèces de zones arides, il est
préférable de parler en terme de biomasse fraîche (proies pesées vivantes) car l'eau y est
importante, le mieux étant d'en mesurer la valeur. Selon le type de résultat recherché, la
composition énergétique et nutritionnelle des proies peut également être analysée en
laboratoire spécialisé.
Enfin, il faut s'assurer de la présence/absence de certains types de proies peu
détectables après digestion (Lombrics par exemple) en les recherchant par des techniques
adaptées.