La préparation des fèces et de la collection de références demande une certaine expérience en microscopie. Après avoir trié la partie
animale, les fèces sont placées à l'étuve à 60°C durant 48 heures de façon à obtenir une matière sèche. Elles sont ensuite broyées et tamisées
pour obtenir des fragments calibrés (0.5/1mm). La préparation de la collection de références suit la même procédure. Les organes de chaque
espèce de plante sont séchés, broyés et tamisés afin d'obtenir des fragments de taille homogène avec les préparations des fèces. La
biomasse sèche moyenne d'un fragment de tissus d'organe d'une espèce végétale est calculée en divisant la biomasse d'une préparation par
le nombre de fragments qu'elle contient.
Chaque préparation de fragments est plongée dans de l'eau de Javel afin de rendre les tissus translucides. La durée des bains dépend de
la concentration en Javel et des types des tissus ; ceux des fèces étant plus fragiles que ceux des végétaux de la collection de références.
Afin de colorer les parois des cellules, il faut éliminer l'eau de Javel par rinçage à l'eau puis par un bain dans l'acide acétique (50% vol.). Les
préparations de fragments sont enfin plongées dans un colorant. Elles sont finalement mises entre lame et lamelle dans un milieu de montage
aqueux.
Les photos ci-dessous montrent la différence entre un type de fragment non-coloré (Fabaceae indét.) et un même type de fragment coloré.
La forme des cellules apparaît et les structures des trichomes, stomates et vaisseaux et cristaux sont plus visibles.